دانلود کتاب اصول علم بیوانفورماتیک

فهرست مطالب

پیشگفتار
    مقدمه
بیوانفورماتیک: تصویر کلی
نرم افزارهای بیوانفورماتیک: دومحیط مجزا
نرم افزارهای مبتنی بر وب
برنامه های مبتنی بر خط فرمان
اتصال دو محیط
الگوی جدید برای یادگیری برنامه نویسی در علم بیوانفورماتیک
پژوهش قابل تکرار در بیوانفورماتیک
بیوانفورماتیک و دیگر شاخه¬های انفورماتیک
پیشنهادها
کتابهای پیشنهادی
برخی از مفاهیم پایه در زیست¬شناسی

    دسترسی به داده های توالی  و منابع علمی آن
معرفی پایگاه های داده زیستی
GenBank: مشهورترین پایگاه های داده
حجم داده های توالی
ارگانیسم های موجود در GenBank
انواع داده ها در GenBank
پایگاه های داده های DNA ژنومی
پایگاه های داده cDNA مرتبط با ژن های بیان شده
برچسب های توالی بیان شده (ESTs)
ESTها و UniGene
جایگاه های توالی برچسب خورده (STSs)
توالی های بررسی ژنوم (GSSs)  
توالی یابی ژنومی با توان عملیاتی بالا (HTGS)
توالیهای پروتئینی
مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی
معرفی صفحه خانگی NCBI
PubMed
Entrez
BLAST
OMIM
کتابها
رده بندی (تاکسونومی)
ساختمان
موسسه بیوانفورماتیک اروپا (EBI)
دسترسی به اطلاعات: شماره های دستیابی برای برچسب گذاری و شناسایی توالیها
پروژه توالی مرجع (RefSeq)
پروژه توالی کدکننده اجماعی (CCDS)
دسترسی به اطلاعات از طریق Entrez Gene در NCBI
رابطه Entrez Gene، Entrez Nucleotide و Entrez Protein
مقایسه Entre Gene و UniGene
Entrez Gene و HomoloGene
دسترسی به اطلاعات پایگاه دادهای پروتئینها
UniProt
سامانه بازیابی توالی در ExPASy
دستیابی به اطلاعات: سه مرورگر اصلی ژنومی
مثالی از نحوه دسترسی به داده های توالی
HIV pol
دسترسی به منابع علمی زیست پزشکی NLM
PubMed مرکزی و دسترسی رایگان به مجلات علمی

    همردیفی دوگانه توالی ها
اساس تکاملی همردیفی
همولوژی توالی  در مقایسه با شباهت توالی
تشابه توالی ها در مقایسه با یکسان بودن توالی ها
روش های همردیفی دوگانه توالی ها
همردیف کردن کلی و همردیف کردن محلی
الگوریتم های همردیفی توالی
روش ماتریس نقطه ای
روش برنامه ریزی دینامیک
Gap penalties(gp)
برنامه ریزی دینامیک برای همردیف کردن کلی
برنامه ریزی دینامیک برای همردیف کردن محلی
ماتریس های نمره دهی
ماتریس های نمره دهی آمینو اسیدها
ماتریسهای PAM
ماتریس های BLOSUM
مقایسه بین PAM و BLOSUM
ارزیابی آماری همردیف های توالی